反渗透系统回收率也影响渗透水的质量。回收率越高，系统最后排出的浓水浓度越高，相应地最后膜元件的渗透水浓度越高。在某些RO应用中，渗透水质量也足以限制系统回收率。
对于大型RO系统，回收率通常受难溶盐结垢倾向的限制，也就是受到浓水的最大浓度的限制；对于小型的RO系统，回收率通常低于30~50%。在较低回收率时，RO装置无需控制难溶盐的溶解度也可安全运行。
反渗透纯水设备的回收率和原水中溶解物质的浓缩倍率有直接关系，回收率50%的系统，浓缩倍数是2倍；回收率75%时，浓缩倍数是4倍；回收率80%时，浓缩率则为5倍；回收率达到90%时，相当于浓缩10倍。
膜系统内由于浓差极化现象的存在，膜表面的料液含盐量会变得更高。因此，原水由于被浓缩，膜表面的污染会比想象中发生的更快。
海水RO系统通常回收率为30%~45%，这主要是由海水渗透压决定的。对含盐量为35000mg/L的海水，渗透压高达2.8MPa，目前制作的压力容器的最大运行压力通常为7.0MPa和8.4MPa两种。
苦咸水RO系统通常运行回收率为50%一80%。在采取适当预处理的情况下，通常采用75%回收率，该回收率也称为标准系统回收率。
采用75%回收率时，可选用6m长的压力容器（内装6个40in长的膜元件或4个60in长的膜元件），每个压力容器最佳回收率为50%，当采用2:1排列时，系统回收率为75 010。该排列无需使用浓水循环，即可把相当高比例的给水转为渗透水。
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