为了确保反渗透处理系统正常地运转，需要对工艺系统操作运行的工况条件加以控制，具体控制要素包括以下几个方面。
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pH值。不同材质的反渗透膜具有不同的pH值适用范围。通常，醋酸纤维膜运行时的pH值应控制在4～7之间，而芳香聚酰胺膜运行时的pH值应控制在3～11，复合膜的pH值允许范围约为2～11。
2
温度。反渗透过程中，料液温度随操作的进行会有所提高。在一定范围内，温度升高引起料液黏度的降低，有利于反渗透产水量的增加，通常温度值增加1℃，膜的透水能力约增加2．7％。商品膜所标注的膜透水能力一般为水温在24～25℃的数据值，需通过校正系数推算工况温度下的实际透水能力。应注意的是，操作温度不可超过膜的耐热温度，否则将影响膜的使用寿命。
3
预处理。处理料液的pH值、所含悬浮物及微生物量的高低等，都会影响反渗透的效果，因此必要时需对原水采取行之有效的预处理措施，如pH值调节、过滤、消毒等，以充分发挥反渗透的工作效率。
4
操作压力。在反渗透过程中，维持和提高操作压力有利于提高透水率，并且由于膜被压密，盐的透过率会减小。但操作压力超出一定极限时，由于膜压实变形严重，会导致膜的透水能力衰退和膜的老化。因此，应根据实际处理料液和所选反渗透膜的耐压性能，选择适当的运行操作压力。
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膜组件的清洗效果。膜污染是反渗透运行中必然产生的一种影响系统正常运行的现象。即使在操作之前对料液进行预处理，也不能完全消除膜的污染，膜污染产生后，轻则引起产水量及除盐率下降，重则对膜的寿命产生极大影响，甚至造成处理系统运行瘫痪。因此，需要根据实际情况定期对膜组件进行清洗。
膜的清洗分物理法和化学法两种
物理法一般是指水力学清洗，如机械擦洗和反洗等。水力学清洗的主要方法是反洗，如水冲洗和气水反冲膨胀法。因为水洗无化学品引入，所以水洗的方法最为经济。反洗是指从透过侧吹气体或液体，将膜面堆积物去除的方法，外部加压是指用0.1MPa的压缩空气或带压液体逆洗，内部抽吸是指周期性的将膜外侧的空气或液体吸入膜内侧进行逆洗。
化学法是采用一定的化学清洗剂，在一定的条件下一次冲洗或循环冲洗膜面的方法。在化学清洗中，必须考虑到两点：
① 清洗剂必须对污染物有很好的溶解和分解能力；
② 清洗剂必须不污染和不损伤膜面。
因此，根据不同的污染物确定其清洗工艺时，要考虑到膜所允许使用的pH值范围、工作温度及其膜对清洗剂本身的化学稳定性。常用的清洗药剂包括硝酸、磷酸、柠檬酸、氢氧化钠以及ø洗涤剂等。清洗剂种类、浓度及清洗时间的选择需视实际具体情况，根据经验或清洗试验的结果确定。
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